自秦、漢時(shí)縣境屬臨洮縣地，歸隴西郡所轄；三國(guó)時(shí)縣初屬魏雍州地，仍設(shè)隴西洮陽(yáng)縣，旋改為秦州隴右郡臨洮縣。

以后西晉、東晉、十六國(guó)、前秦、南北朝、北周、隋唐至明洪武年間，歷代建置廢置變更頻繁。

明永樂(lè)十六年（1418），朝廷受卓尼吐蕃后裔頭人些地為土官指揮僉事，管理部分番族部落，實(shí)行土司制。

清乾隆改衛(wèi)為廳，土司仍沿明制。

1913年，甘肅省政府作出了取締土司制度的決定，卓尼轄地歸臨潭縣統(tǒng)領(lǐng)，但民國(guó)政府改土歸流的政策未動(dòng)搖土司的統(tǒng)治地位。

1937年，“博峪事件”爆發(fā)，卓尼設(shè)治局成立。

1944年，洮岷路保安司令部接受整編，第一個(gè)非土司制的國(guó)家行政建置始在卓尼立足，與兼理軍政之洮岷路保安司令部并駕齊驅(qū)，隸屬于甘肅省第一行政督察區(qū)，專員公署設(shè)在岷縣。

1949年9月11日卓尼轄區(qū)解放，1950年楊復(fù)興宣布廢除土司制度，1950年5月25日，設(shè)置卓尼自治區(qū)建制，直屬甘肅省。

1955年8月25日，卓尼自治區(qū)改為卓尼縣，沿用至今。